生态农业是一个农业生态经济复合系统，将农业生态系统同农业经济系统综合统一起来，以取得最大的生态经济整体效益。它也是农、林、牧、副、渔各业综合起来的大农业，又是农业生产、加工、销售综合起来，适应市场经济发展的现代农业。生态工程的基本原理有物质循环再生原理、物种多样性原理、协调与平衡原理、整体性原理和系统学和工程学原理。建立该人工生态系统的目的是实现对能量的多级利用，提高能量的利用率，减少环境污染。

A、建立生态农业时巧设、增设食物链，可以努力实现物质和能量的分层多级利用，A不符合题意；

B、建立生态农业时巧设、增设食物链，增加了能量利用的环节，提高了人类对系统总能量的利用率，不是提高整个系统对能量的利用率，B符合题意；

C、建立生态农业时巧设、增设食物链，可以加强生物防治，控制有害生物的危害，C不符合题意；

D、适当增加物种数目，生物多样性增强，提高抵抗力稳定性，D不符合题意；

故选B。