生物进化的实质是基因频率的变化，自然选择、突变和基因重组都能导致基因频率的改变。判断生物是否发生进化的依据就是看种群的基因频率是否改变了。

A、在正常翅果蝇群体中，出现了残翅突变个体可能是由于基因突变引起的，种群基因频率发生了改变，A不符合题意；

B、生物进化的实质是种群基因频率的改变，某种环境因素改变而引起喜鹊基因频率的改变属于生物进化，B不符合题意；

C、长期地理隔离可能导致有些个体得不到交配机会使部分基因消失，从而形成生殖隔离，基因频率发生了改变，C不符合题意；

D、基因型为Yy的豌豆连续自交，后代中YY所占比例越来越大，但是Y、y的基因频率没有发生变化，所以没有导致生物进化，D符合题意。

故选D。