逐对基因关于体色：相对性状的亲代正交和反交结果一致，F1均表现为灰身，说明灰身为显性性状，控制体色的基因位于常染色体上；关于眼色：相对性状的亲代正交和反交结果不一致，说明控制眼色的基因位于性染色体上，红眼为显性性状。

(1)通过分析可以判断出隐性性状为黑身、白眼。

（2）实验一中F1的基因型为BbXAXa和BbXAY，F1随机交配得到F2，F2灰身红眼雌蝇中纯合子基因型为BBXAXA，比例为1/3×1/2=1/6。

（3）实验二中由于雄性亲本产生精细胞时Ⅲ号染色体的不正常分配，使F1中出现了一只Ⅲ号染色体三体(即3条Ⅲ号染色体)的灰身雄果蝇，如果B、b基因位于Ⅲ号染色体上，该果蝇基因型为BBb，可产生配子BB：：Bb：B：b=1：2：2：1，与多只黑身雌果蝇杂交，后代表现型及比例为灰身：黑身=5：1；如果B、b基因不位于Ⅲ号染色体上，该果蝇的基因型为Bb，可产生配子B：b=1：1，与多只黑身雌果蝇杂交，后代表现型及比例为灰身：黑身=1：1。